地下水是看不见的珍贵资源，兼具资源属性和生态属性。地下水位上升，一方面丰富了水资源储备，另一方面减少了漏斗问题，防止了可能发生的地面沉降，促进了经济社会发展。

沿线城市大量使用“南水”，减少或停止了受水区地下水开采，地下水得以置换，进一步优化了水资源配置格局。

河南省濮阳市地处华北最大的地下水漏斗区，地下水超采区面积占总面积的88%。2021年，濮阳市在全国率先建成城乡一体化供水网络，全市370万人饮水同源同质，全部用上“南水”。2023年，濮阳市地下水位同比上升1.53米，连续25个月持续保持上升趋势。

2022年，河北省定州市农村生活水源江水置换工程启动，402个村庄、92.26万居民、537家企业从饮用地下水改为“南水”。工程实施后，该市关停农村地下水水井415眼，每年压采地下水2677万立方米。

2014年以来，河北省地下水开采量减少47.2%，占总用水量比例由73.7%下降至40.2%，基本实现采补平衡。地下水位实现止跌回升的历史性转折。

在北京市，“南水”的到来，彻底扭转了地下水水位连续下降16年的趋势。该市水务局的最新数据显示，10月28日，全市平原区地下水平均埋深为12.41米，地下水水位实现第9年连续回升。从2015年至今，北京平原区地下水水位累计回升13.14米，增加储量67亿立方米。